当今食用菌界，呼吁最多的是加快食用菌产业升级，但也要清醒地看到，我国食用菌产业升级的步伐相对缓慢，那么食用菌产业升级的难点在哪里？我们如何趁着应对解决这些难点？笔者发表一些浅见。　
食用菌新技术研发与应用的难以有效结合是产业升级的难点。    食用菌产业升级是新技术替代落后技术的过程。实现食用菌产业升级，新技术的研发和应用是关键所在。从我国食用菌实际情况看，这个产业经费短缺，研发水平滞后，高水平的技术难成亮点，直接导致产业难以升级；另一方面技术研发和实际应用难以结合，直接导致研发成果不能及时实现产业化。 当前，我国食用菌界技术研发人员多集中在涉菌高等院校和科研院所，有些食用菌最新的科研成果停留在学术论文层面，发表之后就被束之高阁，缺乏食用菌产业化的动力。要实现食用菌产业升级，就必须加大研发投入，形成研发投入增长机制。从宏观政策看，需要鼓励食用菌基础方面的研究，因为没有基础研究就不可能有产业层面的技术突破。从微观角度看，菌政部门需要制定相关政策，鼓励食用菌企业加大研发投入。实现产学研一体化，积极引导创新要素向食用菌企业集聚。
    食用菌产业升级的关键在于市场需求。在市场经济下，食用菌产品再好，市场没有需求，也只能瘫痪，即使技术再新、再好也会英雄无用武之地。食用菌产业升级之所以缓慢，一个非常重要原因就是因为消费市场没彻底打开，质量好但价格高的食用菌产品多数人买不起，中国消费群体首先考虑的是食用菌价格，而不是高性能。一些食用菌科研单位研制的新技术、新设备，很多食用菌企业不感冒，其根本原因是食用菌还属弱势产业，难以花大价钱购买。反之，技术含量不高的普通食用菌产品在我国仍然拥有巨大消费市场。一些食用菌企业仍用科技含量低的技术、设备维持生存。因此要促进食用菌产业升级，最关键的是提高引导市场需求结构升级，以此推动食用菌产业结构升级。
    缺乏形成食用菌产业升级的动力。 食用菌产业升级体现在食用菌企业内部实质就是技术创新，实行食用菌标准化、规范化，以此形成食用菌工业化。一般来讲，食用菌技术创新可以为食用菌企业带来丰厚的利润。但在我国食用菌界，相当多的食用菌企业缺乏技术创新动力，其根本原因在于我国食用菌产业的生产要素成本特别是劳动力成本还相对比较低，不依靠技术创新依然可以获得利润。要解决这一问题，随着我国食用菌生产要素价格特别是劳动力价格的增高，迫使从生产要素特别是劳动力价格低的成本优势向技术创新优势转化，食用菌产业升级将会水到渠成。