如今，农民专业合作社得到快速发展。根据《增值税一般纳税人资格认定管理办法》(国家税务总局令第22号)第三条的规定，增值税纳税人(以下简称纳税人)，年应税销售额超过财政部、国家税务总局规定的小规模纳税人标准的，除本办法第五条规定外，应当向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。因此，对于达到一定规模的农业合作社，应向主管税务机关申请一般纳税人资格认定。
    农民专业合作社被认定为增值税一般纳税人后，因为销售的是本社成员生产的农业产品，根据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》(财税〔2008〕81号)第一条的规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
    《增值税暂行条例》第二十一条第三项规定，销售货物或者应税劳务适用免税的不得开具增值税专用发票。根据该规定，农民专业合作社不能开具增值税专用发票。《财政部、国家税务总局关于免征部分鲜活肉蛋产品流通环节增值税政策的通知》(财税〔2012〕75号)第三条规定，增值税暂行条例第八条所列准予从销项税额中扣除的进项税额的第(三)项所称的“销售发票”，指小规模纳税人销售农产品依照3％征收率按简易办法计算缴纳增值税而自行开具或委托税务机关代开的普通发票，排除了增值税一般纳税人(包括农民专业合作社)取得的普通发票不能抵扣销项税额。这将直接影响农民专业合作社的经济利益。
    鉴于此种情况，农民专业合作社为了销售免税农产品，并且购买方能抵扣销项税额，可以选择放弃免税。根据《增值税暂行条例实施细则》第三十六条的规定，纳税人销售货物或者应税劳务适用免税规定的，可以放弃免税，依照条例的规定缴纳增值税。农民专业合作社放弃免税后，就能开具增值税专用发票，同时可以向本社社员开具收购发票计提进项税额。政策依据是:《发票管理办法》第十九条规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票；特殊情况下，由付款方向收款方开具发票的规定。因为本社社员不能开具销售发票，属特殊情况，由农民专业合作社向本社社员开具收购发票。经过这样处理，农民专业合作社就可开具增值税专用发票，向本社社员开具的网络收购发票能按收购价依13％的扣除率计算进项税额。由于经营农产品的税收政策是“高抵低征”，原价收购原价销售还会产生留抵税，放弃免税后不会增加合作社的税负，相反还有留抵税，企业可以进行多种经营，这样税负也很低。不过，农民专业合作社放弃免税后，企业的财务核算将比较复杂，相应的电子设备款项要增加，合作社要有所考虑。