《意见》明确，到2018年，实现农业发展领域行业内涉农专项转移支付的统筹整合。到2019年，基本实现农业发展领域行业间涉农专项转移支付和涉农基建投资的分类统筹整合。到2020年，构建形成农业发展领域权责匹配、相互协调、上下联动、步调一致的涉农资金统筹整合长效机制，并根据农业领域中央与地方财政事权和支出责任划分改革以及转移支付制度改革，适时调整完善。

    《意见》提出，对行业内涉农资金在预算编制环节进行源头整合，中央涉农资金在建立大专项的基础上，实行“大专项+任务清单”管理模式，有关部门根据各项涉农资金应当保障的政策内容设立任务清单；充分赋予地方自主权，允许地方在完成约束性任务的前提下，在同一大专项内调剂使用资金。对行业间涉农资金主要在预算执行环节进行统筹，充分发挥规划的引领作用，加强性质相同、用途相近的涉农资金统筹使用，支持省、市、县级人民政府围绕改革任务、优势区域、重点项目等，按照“渠道不乱、用途不变、集中投入、各负其责、各记其功、形成合力”的原则，统筹安排各类功能互补、用途衔接的涉农资金。

    《意见》要求，要加强管理制度体系建设，进一步下放审批权限，充实涉农资金项目库，加强涉农资金监管，加大信息公开公示力度，通过改革完善涉农资金管理体制机制，促进提高涉农资金使用效益。
    《意见》强调，地方各级人民政府要高度重视，把涉农资金统筹整合工作摆在突出位置，建立政府统一领导、相关部门参与的涉农资金统筹整合领导小组及办公室，为推进统筹整合工作提供组织保障。各有关部门要加强沟通配合，为推进涉农资金统筹整合工作提供机制保障。贫困县涉农资金统筹整合等相关试点，在试点期内继续按相关规定实施。