我国食用菌产量逐年递增的历程，也是科技创新取得长足发展的过程。“十一五”时期，我们在食用菌的科研与创新上取得了巨大成就，食用菌科技水平有了较大提高，在新品种开发、优良菌种生产、实用栽培技术推广、现代生产设施的加快、精深加工产品的增多等各个方面都加快了进程。科技创新和新技术的推广应用，为推动我国食用菌产业的快速发展起到了决定性的作用。同时，随着食用菌产业科技的快速发展，国家也相应加大了对食用菌科技资金的投入。2008年科技部启动了“十一五”国家科技支撑计划“食用菌产业升级关键技术研究与开发”重点项目，对我国食用菌主要品种的资源保护、栽培技术、现代物流、精深加工及质量安全标准化等八个方面的关键技术进行攻关研究。同年，农业部、财政部在现代农业技术体系建设中纳入了食用菌产业，建立了食用菌产业技术研发中心、遗传育种实验室、资源利用与野生菌驯化扩繁、病虫害综合防治及质量安全等实验室，分别在全国13省(区、市)建立了19个综合试验站，幅射带动食用菌主产县(市)100个以上，基本形成了支撑我国食用菌产业发展的技术体系。我们的基层食用菌科研单位和众多技术推广人员活跃在食用菌生产第一线，从改良菌种提高产量产值，从研发新设备解放劳动力，从变革生产方式实现产业升级，从依靠科技防灾减灾，从集成关键技术的工厂化生产模式普及推广，一大批新技术新手段在保证着食用菌产业的良性健康发展。
     同时，我们也应该清楚地认识到，当前我国食用菌产业的整体科技水平与发达国家相比还有一定的差距，具体表现在：一是传统、落后的栽培模式还在大部分主产区延续，基础设施薄弱、发展方式粗放、资源消耗过大、劳动力素质偏低的现状依然存在；二是一些国产设备还经不起生产过程的“磨练”，时而出现小问题的国产设备一定程度上影响着生产的进度和产品的质量；三是国家食用菌技术培训体系的缺失造成技术人才匮乏，科研机构和生产一线技术人才的短缺影响和制约着食用菌现代化的发展步伐；四是缺乏全球气候变暖等因素对产业造成危害的技术防范措施，使近几年食用菌病虫害频繁发生，给菇农和生产企业造成巨大损失；五是生产企业只注重产品市场建设而缺少技术研发的投入，没有自己的主打品牌，没有自己的创新产品，不重视科技创新，缺少核心竞争力。
在我国食用菌科技发展历程中还存在一种现象，国家相关部门以及一些科研院所虽确定了一些食用菌科研项目，但是这些项目要么是立项了、资金到位了，就没有了下文；要么是项目研究虽取得了成果，但却没有得到实际转化应用而被束之高阁。而在产业升级过程中得到利用的一些技术创新，常常是一线的技术人员和菇农们在生产实践中摸索创造出来的。这些技术看起来不起眼，有的简单，简陋，但在实践中管用，深受欢迎。
     科技创新是推动现代食用菌生产力的根本保障，建设现代食用菌产业必须靠科技引领。产业的发展需要我们不断提高自主创新能力，加快基础性、关键性重大课题的研究，强化技术集成配套，加强对高产高效品种选育、重大病虫害和杂菌防控、产品质量安全在线监测、无害化生产等重大技术攻关。要在国家教育体制改革不断深化、部分农业院校积极培养食用菌专业人才的有利条件下，努力建设一支相当规模、结构合理、素质优良的食用菌科技队伍，加快高层次科技领军人才和创新团队的建设。各主产地和生产加工企业要重视和加快对实用人才和菌农的培训，提高科学种菌的技能。科研工作者要深入生产第一线，手把手、面对面的开展科技服务，及时解决菌农的生产技术难题，加快食用菌科技成果转化为生产力。要依托食用菌专业合作社、生产大户等建设好试验示范基地，提高示范户学习接受能力、幅射带动能力和自我发展能力，要把面向企业的技术转移工作落实好，积极推进科研单位技术成果面向企业的转移、转化工作。
    中国食用菌的希望在科技、潜力在科技、出路在科技、发展在科技。在中国食用菌协会制定的《全国食用菌行业“十二五”发展规划》中，提出了 “提高科技自主创新能力，加快推广先进实用技术”的发展目标。中国食用菌协会会长张祥茂同志在山西晋城第四届食用菌工厂化会议上讲到，我国的食用菌产业要想做大做强，需尽快实现从规模生产向加工增值、从数量增长向质量提升、从产业优势向经济优势的三个转变。而实现这三个转变的关键，是要以现代科学技术为支撑，通过科技攻关研发新设备、开发新品种，实现食用菌产业的科学发展。
    毫无疑问，中国食用菌产业科技的发展道路还任重道远。