研究所前身是静生生物调查所和云南省教育厅于1938年7月合作成立的云南农林植物研究所。1950年4月转属中国科学院，更名为中国科学院植物分类研究所昆明工作站。1953年3月更名为中国科学院植物研究所昆明工作站。1959年4月，经国家科委批准，正式成立中国科学院昆明植物研究所。现任所长孙航研究员，党委书记杨永平研究员。 

    研究所占地面积1018亩，建有昆明和丽江两个园区。研究系统设置“三室一库”，即植物化学与西部植物资源持续利用国家重点实验室、中国科学院东亚植物多样性与生物地理学重点实验室、资源植物与生物技术重点实验室、中国西南野生生物种质资源库。植物标本馆（KUN）馆藏标本140余万份，是全国第二大植物标本馆。种质资源库已保存野生植物种子9484种，占中国种子植物总数的31.8%。现有参股企业3家，其中云南云投生态环境科技股份有限公司为深圳证券交易所上市企业。 

    新时期，研究所深入实施“一三五”规划，并结合研究所分类改革确定了“率先行动”计划聚焦的五个重点研究领域和四个服务项目，形成了新时期的办所方针。 

    新时期办所方针：立足中国西南，辐射东南亚和喜马拉雅，在植物学、植物化学及植物资源发掘、利用与保育等领域取得重要突破，为我国生态文明建设、生物多样性保护、生物资源的持续利用和产业发展做出重要贡献。 

    三个重大突破：引领“iFlora研究计划”、新药创制研发、植物种质资源与产业发展 

    四个服务项目：植物中高含量天然产物功能发掘与利用、特色资源植物研发与产业促进、典型区域特色生物产业示范与民生改善、iFlora与综合服务。 

    五个重点研究领域：植物分类与生物地理、植物化学与天然产物研发、野生种质资源保藏与利用、民族植物学与区域发展、资源植物研发与产业化。 

    截止2016年12月31日，有中国科学院院士2人，国家杰出青年科学基金获得者8人，国家优秀青年科学基金获得者3人，“百千万人才工程”国家级人选6人，国家“万人计划”科技创新领军人才2人（新增2人），享受国务院颁发政府特殊津贴人员11人，科技部“中青年科技创新领军人才”入选者2人，国家“外专千人计划”入选者1人，国家“青年千人计划”入选者4人，中科院“百人计划”入选者22人，中科院“青年创新促进会”会员23（新增4）人，云南省“高端科技人才引进计划”入选者14人（新增3）。云南省“海外高层次人才”入选者13人。从国内外引进各类人才37（新增4）人。 

    研究所现设有生物学和药学2个博士后科研流动站，2016年进站15人，出站8人，并获云南省首批受资助博士后科研流动站。 

2.争取和承担科研任务。 

    近年来，研究所积极承担国家各类科技项目，成绩显著。2016年，共获立项国家各级财政科技计划资助项目131项，新增经费8248余万元。承担国家部委及地方在研的主要科技计划项目（课题）共有61项（新增23）。其中，承担国家重大科技专项课题1项（在研），主持国家重大科学研究计划项目1项（在研），承担（或参加）国家重点基础研究发展计划（973）2项（在研），承担国家高技术研究发展计划（863）1项（在研），参加国家科技支撑计划项目3项（在研），承担科技基础性工作专项重点项目2项和课题1项（在研）；承担NSFC重大项目1项（在研）、承担NSFC重大国际合作研究项目5项（新增2项）、承担NSFC重点项目2项（在研）、承担NSFC-云南省联合基金项目11项（新增1项）、承担国家杰出青年科学基金项目3项（在研）、承担国家优秀青年科学基金项目3项（在研）、承担NSFC重大研究计划培育项目1项（新增1项）； 

    2016年共获授权专利33项，其中1项为美国专利，获计算机软件著作权登记证书2项。云南省园艺植物新品种登记证书2项。获云南省自然科学一等奖1项、云南省自然科学二等奖2项、云南省自然科学三等奖1项，科技进步奖创新团队类一等奖1项。2016年度，共发表SCI论文504篇，其中第一作者单位发表SCI论文236篇，领域前15%的有150篇，领域前30%的为248篇。CSCD文章共有92篇；出版专著、译著7卷册。研究所现有生物学和药学2个一级学科博士培养点，下设植物学、生物化学与分子生物学、药物化学和药理学4个二级博士培养点和对应硕士培养点，并在生物工程和药学2个专业型硕士培养点招生。在读研究生458人，其中博士研究生212人，在读硕士研究生246人，包含在读留学生27人。 

    昆明植物所设有昆明植物园和丽江高山植物园，其中昆明植物园2005年被中国科协命名为“全国科普教育基地”；研究所与世界农用林业中心（ICRAF）共建“山地生态系统研究中心”，与浙江省海盐县共建“海盐工程技术中心”，中国科学院青藏高原研究所昆明部在此挂靠。昆明植物所设有公共技术服务中心，是中国科学院昆明生物多样性大型仪器区域中心重要组成单元；设有科技信息中心，承担中国科学院超级计算环境昆明分中心和昆明储存分中心的运维工作。 

    研究所是云南省植物学会和中国植物学会民族植物学分会的挂靠单位，其中云南省植物学会通过了云南省学术性社会团体的等级评估，获得了4A级学会称号。研究所主办3个学术期刊，《植物分类与资源学报》完成改版并更名为Plant Diversity（《植物多样性（英文）》），全年出版正刊6期42篇，文章被ScienceDiret数据库收录；Fungal Diversity（《真菌多样性》）2016年发表论文6期27篇，为真菌学领域排名第二的期刊，最新影响因子为6.991；Natural Products and Bioprospecting（《应用天然产物》）为开放源期刊，被ESCI收录，全年发表正刊6期34篇。