出完菇需要及时清理净化菇房，为下轮蘑菇生产创造有利生长条件。清出的堆肥称为残料，有较高的再利用价值。

　　
    我国许多产菇区常反映旧菇房种菇效果一年不如一年，其主要原因之一是农户的菇房菇架是竹木结构，清理净化不彻底。因为蘑菇生长过程中，不断产生一些对蘑菇自身有害的代谢产物，并逐渐积累在墙壁、床架上。另一方面，菇房长期处在阴湿条件下，各种病虫滋生并以休眠体的抗逆生存方式潜伏隐匿在菇房地面、墙壁、床架缝隙中，很难彻底清除。而蘑菇工厂采用钢构架床和水泥墙壁地板，可以很方便而彻底的清洗消毒，有效减低菇房内各种病虫的繁殖量和潜伏量，这可能是其获得蘑菇连年稳产、高产的重要措施。

　　
    蘑菇工厂采菇5星期后，虽然菇床仍可出菇，但为了提高设施利用率，大多尽早安排下一轮生产而中止出菇。菇床残料先经蒸汽杀菌，然后出清。也可在菇床喷足够的水，把热电偶放在堆肥中直接产生蒸汽，使堆肥温度达到70℃，这样的温度要一直保持至少12小时。热蒸的目的主要是杀死菌类和虫类。在这样高的温度下，线虫、螨类、蝇类以及霉菌都会被杀死。

　　
    利用尼龙拖网清出残料。在当初装料时，已把细孔尼龙网垫铺放在料层下，清料时将尼龙拖网与菇室门口一短的卷网机连接，然后慢慢卷拖尼龙网从床上拖出残料。

　　
    出完菇后的残料占播种时堆肥干重的2/3。经测定（表15），蘑菇残料中的有机质含量高达48%，含氮1.5%，是高质量的有机肥。