目前国内食用菌产品质量安全问题一般涉及到以下几个方面：一是重金属含量超标，主要包括：砷、汞、铅和镉；二是农药残留量超标，主要包括：六六六、滴滴涕、多菌灵、百菌清、敌敌畏、溴氰菊酯、氯氰菊酯等；三是二氧化硫含量超标；四是含有荧光增白剂。
    食用菌产品质量安全问题的出现原因很多种，但主要可以分为以下二种情况：一是企业质量意识淡薄或质量管理力度不够，出现管理漏洞；二是产品在出厂时达到国定规定的质量安全标，但由于产品包装等缺陷，在流通渠道中受到人为干扰，导致产品流向消费者手中时，出现产品质量安全问题。
    下面就各种污染物质的来源进行一一分析。食用菌产品中的镉主要来源于栽培环境，包括土壤、水源、空气和栽培基质。对于采用覆土栽培的食用菌，产品中镉的含量来自基质和覆土材料。环境中镉的来源主要是电渡的废液、金属提炼厂的废气和烟雾及含镉的金属容器。铅污染的来源主要有含铅农药施用后在基质上的残留；生产环境，主要因土壤、汽车尾气、水质带来铅的污染；含铅器皿在食用菌加工、贮藏、运输过程中使用也会引起铅的污染。汞污染源主要来自含汞的农药和含汞工厂的三废排放。砷的来源主要来源于食用菌生产过程中使用了含砷的杀虫剂，或选用的麸皮等原料中被加了含砷的饲料添加剂。农药残留主要是由于生产企业为了防治病虫害。二氧化硫主要是因为生产厂家使用硫磺、亚硝酸盐等还原性漂白剂对干制食用菌进行漂白抑菌，或在食用菌种植中使用二氧化硫驱虫剂所致。荧光增白剂是工业常用的化学染料，它的成份有铅和其他重金属。添加荧光增白剂可使食用菌外观更白、更亮，达到食用菌增白、色泽异常鲜亮的效果，有好卖相，同时延长保鲜期。这也驱使了少部分企业或商家不顾食品安全违法添加荧光增白剂。食用菌产品中出现荧光增白剂的另一种可能性是包装物料上含有荧光增白剂。
    通过对污染物质来源的分析，企业便可根据情况，有效的对产品质量安全进行有效的管理和控制。企业首先建立起一种强烈的产品质量安全意识，并通过制定相应的管理制度来将这种产品质量安全意识在生产过程当中切实的得以贯彻和执行。
    2010年11月底在北京地区爆发的“增白剂调查新闻事件”，可以说在一段时间里对当地食用菌市场造成了较大的冲击，金针菇、香菇、白灵菇、海鲜菇等产品出现滞销，价格出现较大幅度的下跌并且持续时间近数月，相关厂家也因此蒙受重大损失。但上海丰科的蟹味菇、白玉菇产品在此期间，不论是产品的价格还是销售均未受到任何负面影响。相反，因其他菌菇产品供应的减少和消费者选购的改变，导致丰科产品销量较此前有所上升。归其原因，主要是可分为以下几个方面，一是丰科公司一直以来对产品的质量安全都极为重视，保证每一盒出厂的产品都是安全的；其次公司的经销商都是与公司都是多年的合作关系，相互间在产品质量问题上都达成了共识，确保产品在流程环节中的安全性。
    丰科之所以能够做到每一盒菇都能安全出厂，除了公司在意识层面重视以外，其实与公司的一些硬件设施也不无关系。首先，从丰科的地址来看，丰科座落与上海奉贤的现代农业园区内，位于上海市的南郊，远离媒电、钢铁、化工等大型工业排放生产企业和高密度居民聚居区，加之园区内植被丰富，空气质量较高，环境未受工业“三污”和居民生活垃圾等污染。这就给丰科企业的生产提供了良好的外部自然环境。在生产硬件方面，丰科已建成了现代标准化厂房并引进了当今世界最先行的生产设备。不论从产品的育种、培养、栽培、采收、包装等各项生产环节均以实现了标准化作业，在一些关键性工序上已实现了机械化，在提高生产效率的同时防止了人工作业带来的的二次污染问题，从而极大的保证了产品的质量安全和产品品质。
    企业的硬件可以说能为产品的质量安全提供先天性的基础保障，但能否最终实现产品品质目标，还得依靠先进的管理理念和严格的内控制度。为了提高管理水平，丰科先后引进了ISO9001质量管理体系和卓越绩效评价准则，并先后顺利通过了ISO9001：2008国际质量管理体系认证和ISO22000：2005食品安全管理体系认证。因如此，丰科产品曾先后荣获中国名牌农产品、中国绿色食品、上海市名牌产品、上海市专利新产品、上海市安全卫生优质农产品等称号。为了能够跟上市场发展形式，企业的内控制度也已几易其稿，根据市场需要不断扩充内控制度覆盖范围并丰富制度细则，以制度来推进产品品质、食品安全方面的管理水平，从而实现产品质量安全、产品品质方面的目标。比如：在生产原料的供应商选择和质量管理部门在品管标准方面，内控制度就做出了明确并且细致的相关规定。在供应商的选择方面，需对供应商的各项资质进行全面考核后，才最终确定；对于每批入厂的原材料或物料，质管部门均需按照质量检测标准进行严格的检测，从而保证原材料的质量安全。在生产的整个过程中，生产部门按照质量要求进行安全生产，保证产品在生产过程中不会出现产品质量安全问题。在生产的整个过程中，品管部门也全程发挥品管职能，对生产起到监督和指导的作用。在产品生产出来包装成型之后，公司指派相关人员将产品及时定期的送至第三方质量监测机构，如农业部食品品质监督检验测试中心和国家食品质量监督检验中心对产品各项指标进行检测，以确认和保证产品的质量安全。
    产品质量是企业的生命线，关乎着企业的能否基业长青；对于农产品或食品来说，质量问题特别是质量安全问题，更关乎是消费者的生命健康问题。因此，对于一家农产品的生产企业或食品类的生产企业来说，不论是为了企业的长期发展还是为了消费者的生命健康，都应当也有责任和义务将产品的质量安全问题或食品安全问题，作为企业的一项长期关注并需不断改进的工作事项来贯彻实施。只有这样，企业才会实现永续发展，才会促进社会的和谐发展。