由于菇类含有多醣体，会吸引很多小黑蚊，几乎每座菇厂都会看得到。菇农为了避免小黑蚊，分别会采取一些措施。
    我的菇农朋友发现，像秀珍菇、白雪、蓝宝等菇类的气味较甜，所以害虫特别多；至于雪耳、黑木耳、灵芝、猴头菇等菇类气味较不甜，害虫相对会少一点。因此，他们采用轮替种植的方式，来克服小黑蚊的骚扰，或是使用环境控制法，将养房设计成温控室，就可以避免这种问题。
    不过，也有菇厂选择用药。他们在太空包里放入除霉菌剂，为了防螨则用宝加利农药，有时还要喷消灭果蝇的农药。而这么一来，菇类极可能有农药残留。所以用太空包种香菇不代表没有农药！
    菇农们希望培育出肉质又厚、又大朵的黑木耳，所以有人会直接喷洒“贝丹”这种生长激素；在加工中，为了避免色泽发生变化，还会加入二氧化硫，这些物质吃进体内，自然对人有不好的影响。
    由于黑木耳的销售单价太低，菇农觉得送工厂干燥成本太大，所以多数是放在阳光下暴晒来达到干燥效果，容易有污染问题。所以购买黑木耳还是要找有信誉的厂商才能安心。