食用菌产业的发展虽然初步形成了一定的生产规模及加工出口创汇能力。但就总体而言目前还是处于一个雏形产业，与福建、山东和广东的产业化规模比较相差很大，与国内外市场的需求相差甚远，在发展和生产过程中仍存在很多的矛盾和问题：
    （1）菌种市场不规范。一是生产秩序混乱，没有专业权威的供种单位，导致菌种在生产过程中退化、污染、甚至出现绝产现象。二是由多个品种混播在一起，造成的菌种拮抗污染，严重影响产量和外观形态，其品质合格率很低。
    （2）生产不规范，缺乏标准化生产技术规程。一个基地一种生产模式，甚至一个基地内一户一种生产模式，粗放的分散的生产管理方法，使产品技术含量较低，质量难以保证，更不利于规模开发和产业化运营。  食用菌产业化水平低，生产组织化程度差。从菌种生产到废料处理各环节未能做到科学的衔接，产销技术服务和信息相对滞后。
    （3）因产品外观形态差、营养物质含量不达标、农残物质超标等各种质量问题被国际市场拒于门槛之外。
    （4）工厂化生产程度不够。欧美的双孢菇，日本、韩国、我国台北省的香菇、杏鲍菇已全部实现了工厂化生产，产品质量相对稳定。而我们遵化的食用菌生产模式还仍停留在原来的作坊模式上，产品质量难以提高，加之受自然环境因素限制，产量的提高只能靠生产面积的扩大来累积完成，极大地浪费了资源、能源和劳动力。
    （5）食用菌销售市场缺乏政府行为的引导和管理，2006冬季至2007年春全国香菇紧缺，鲜香菇的销售市场和价格都很好，可有些菇农唯利是图只顾赚钱而不顾社会道德，向鲜香菇上注水、喷水和参杂，以致造成今年的鲜香菇大幅度跌价，外地客商几乎无人问津，只有当地一些小商小贩竞相低价，自相残杀无序竞争。
    （6）缺乏主导品种，不能做到四季有菇，难以调剂市场的“夏淡、冬淡” ，近十年多来一直是延续使用一个香菇品种，一种生产工艺，单一季节销售，菇农收入不稳定。