据悉，浙江省食用菌产业化经营面临的问题与困难有：市场制约大，农民增产不能增收；龙头企业实力单薄，带动效应较弱；资源利用与可持续生产矛盾突出；科技投入不足。科研推广难以满足生产发展要求，产品科技含金量低，部分产品内外销缺乏竞争力；生产经营组织形式落后。多以一家一户为主，劳动生产效率低，规模经营不够，影响了食用菌流通；政策扶持力度不够。历来把食用菌归于多种经营或副业生产的一部分，没有上升到新兴产业的高度来认识，以至有些具有开发条件的地方没有引起足够的重视，任其自然发展。
　　针对现存问题，浙江省相关部分制定出以下指导思想：
　　围绕发展效益农业，以市场为导向、科技为先导、效益为中心、改革为动力，规划建设商品基地，发展龙头企业，培育流通组织，完善市场体系，搞好社会化服务，把生产、收购、加工、销售及科研诸环节有机联结起来，逐步形成产供销一条龙、贸工农一体化的生产经营格局。大力开发精深加工，提高品质，以质取胜，创名特优新产品，实行可持续发展，使食用菌成为浙江省农业和农村经济的优势主导产业，成为农民尤其是山区农民致富奔小康的主要途径，为改善人们的食物结构，为提高群众的生活质量水平做出更大的贡献。　　
　　针对我国加入WTO后的新情况和浙江省食用菌行业近年发展的新特点，今后一段时期浙江省食用菌产业化发展，要围绕由数量型向质量效益型转变，着力提高单产、提高菇品质量安全和增加经济效益这一基本方向，在以下八个方面予以重点突破：
　　1、全省食用菌区域布局和重点商品基地
　　2、发展优质品牌产品
　　3、拓展国际市场
　　4、培育龙头企业
　　5、加强食用菌交易市场建设
　　6、重视中介组织建设，充分发挥食用菌行业协会在行业服务中的作用
　　7、加大科技投入，提高产品科技含金量
　　8、扩大生产原料，解决资源不足危机
　  浙江省食用菌产业在全国有着举足轻重的地位。为促进浙江省食用菌产业的健康发展，建议：
　　1、加强领导和行业指导
　　食用菌科研、生产、流通管理指导分属各有关部门。为加强行业间的协调，促进生产的发展，1984年建立了浙江省食用菌协会，对促进浙江省食用菌产业的发展，特别是对山区县（市）经济的发展和农民脱贫致富发挥了重要作用，受到各地的欢迎。但近几年来，由于各种复杂的原因，协会活动受到一定的影响。根据农业产业结构调整和发展效益农业的要求，迫切需要加强对食用菌产业的领导和行业的指导，各地要求恢复省食用菌协会在全省食用菌产业发展规划，产销衔接，特别是如何通过行业自律、切实改变低价竞销，效益滑坡等问题进行协调研究。因此，一方面协会自身要适应市场经济的发展，完善和发挥协会的工作作用，特别是加强主产区在协会中的作用；另一方面，希望政府能给以适当的扶持，特别是在财力上给与支持，使协会的工作能更好的开展起来。
　　2、增加科技投入，加大政策扶持力度
　　一是为改变目前对食用菌科研经费投入较少的情况，建议在农发基金中提取一定比例的资金，用于行业组织和有关菌种生产管理机构开展工作。二是由于食用菌属蔬菜类，应把食用菌纳入“菜篮子”工程，享受蔬菜生产的优惠政策。尤其是在一些相对贫困的香菇产区，应对食用菌经营企业的所得税给予减免，以为经营企业扩销和广大菇农直接贩销创造条件。三是对实行食用菌产供销一体化的专业合作社、龙头企业、精深加工企业和食用菌市场建设所需的投资，政府在技改资金贷款额度等方面予以扶持。四是对以草代木和发展菇木速生林的乡镇和农户，按实施面积给与资金补助或发放低息贷款。同时，为解决以草代木、以桑枝条代木必须攻破粉碎困难这一突出问题，建议省科技厅着手组织力量研究粉碎机械，作为当前的攻关项目。
　　3、加快营造菇木林，增强可持续发展能力
　　目前，浙江省菇木林缺乏，严重影响食用菌生产的持续发展。建议将各生产县市从每亩香菇中扣留的上交省林业部门的“双金”（育林基金、更新改造基金）留作地方营造菇木林生产资金，取之于林，用之于林。