一、 生产技术环节问题
    在拌料环节，菇农搅拌不够均匀，所用的营养素配比不太合理，水份过少或偏多，许多搅拌后需要装袋的料物，部分农户因生产规模过大，出现顾此失彼现象，造成装袋不及时，出现温度过高而发热变质或营养成份流失。在装袋环节，因所雇用的人员责任心不强，装的袋子过虚或过实，影响了菌袋的出菇发酵。在高温灭菌环节，因出现掉火而导致火力不够或因灭菌时间达不到规定时间，或一次性灭菌规模太大而导致的灭菌不彻底，菌料夹生现象，而导致日后发生霉变。在接种环节，现在相当一部分菇农没有使用接种箱，而采用开放式接种法，甚至露天接种，导致相当部分杂菌感染。在培养室培养期间，因消毒不彻底出现感染。在越夏管理期间，因遮荫棚搭建不合理而影响菌袋的成活率。在刺孔环节操作不及时或刺孔数量过多、过少。在拌料、装袋、灭菌、接种、越夏等每个环节的操作不当都可能导致出畸形菇或产量偏低，花菇率不高等现象，都制约着菇农的生产产量、质量和经济效益。
    二、 原辅材料供应上存在的问题
    1. 菌种供应上出现的问题
    西峡县从上世纪90年代初期发展香菇以来，一直使用的都是9608品种，原种经过多年的繁育、培植有退化迹象，再加上全县菌种市场管理不规范，供应上出现了多、乱、杂现象，一些菌种厂家为降低成本，使用过期的或低品质的原料生产，使生产出的菌种质量不高，品质较差，许多农户还用退化的原种或购买的菌种自制香菇菌种，导致出菇少，甚至不出菇，使许多菇农的经济遭受损失。
    2.食用菌产业发展资源消耗与生态保护的矛盾和问题
    西峡香菇依靠本县丰富的栎木资源和天然的气候条件，使香菇生产一枝独秀，成为富县富民的第一大支柱产业。农民人均纯收入的48%都来自于香菇产业。1996年以前，以椴木香菇为主的食用菌生产直接消耗了境内的林木资源。据有关人士测算，每生产1吨椴木香菇，需要消耗阔叶林为70立方，1公斤木屑也需耗1.5公斤木屑，以致生产林抚育远远跟不上食用菌生产发展，并导致生产与生态失衡的矛盾。为使林木资源节约利用，产业可持续发展，据有关资料统计，1995年全县林木蓄积量为791万方，2003年下降至662万方，2006年下降至360万方，这显然与建设“生态大县”的目标相违背。随着南水北调中线工程的开工，作为南水北调中线工程重要水源涵养区的西峡立即在全县下达禁伐令。从2006年开始实施“菌材外调”战略，但2006年至2012年年底，从湖北、东三省、陕西及河南邻县反馈的信息是供应量在萎缩，各供应地也在逐步限制采伐计划，从而使以消耗林木资源为主的香菇产业与林木资源保护之间的矛盾日益突出。
    3.基地标准化建设程度不高