食用菌深加工属农产品加工范畴，一般可分为三个层次：即初加工，如通过烘干、盐渍、保鲜等工艺制成易储食材等；深加工，如通过烹饪烹调、速冻等工艺制成风味食品、佐餐食品等；精深加工，如通过化学萃取等工艺提取有效成分制成药品、营养品、保健品、化妆品等。当前，食用菌产业主要表现为基地生产量大、产品深加工率低,从全产业链角度审视，仍显现出“一产强、二产弱、三产无”的产出效益逐次递减趋势。大力发展食用菌深加工符合“新四化”发展的基本要求，对增加企业效益、农民收益，延长食用菌产业链条、提升产业综合实力、增强核心竞争力具有十分重要的意义。
    一、食用菌深加工现状
    1.龙头数量少、规模小。当前，我国食用菌精深加工企业数量少、规模小，主体实力不强，精、细、深加工发展缓慢，新产品开发滞后，层级较低，大部分加工企业短期内很难以独有的品牌优势占领国际国内市场，产业链延伸受到限制，一定程度上影响着产业发展及整体效益提升。
    2.产业链条短、深加工比重低。我国多数食用菌产品基本上停留在“种食用菌卖食用菌”的初产品阶段，产品以初级产品为主，品种单一。据数据显示，截止2012年底，全国食用菌生产量达到2828万吨、产值1772亿元，百万元以上食用菌加工企业1300多家，用于各类保健品和药用品加工的食用菌约在15万吨，占到全国食用菌总产量的0.53%左右。深加工比例小，附加值低。总之，我国食用菌深加工比例小，而且加工分配也不合理，极需产品缺少加工设备。
    3.科技含量低、产品效益差。科技发展支撑体系薄弱是制约食用菌深加工发展的主要原因。食用菌加工技术人才缺乏，科研与加工生产企业脱节，重复研究严重，食用菌加工企业技术水平低，开发食用菌新产品能力不足，技术改造和资产重组步履维难。我国食用菌深加工产品主要以蘑菇酱、食用菌罐头、腌渍品等产品为主，功能性食品、保健型食品及药用品等精深产品在国内外市场占有率低。
    4.品牌效应低、市场竞争力差。尽管食用菌生产基地县均有自己的食用菌深加工产品品牌，但是区域化较严重，在国内外市场的影响力不大，同时部分产品被迫采取贴牌模式销售，严重影响了食用菌品牌形象培树；出口产品也因承受人民币升值压力，导致利润空间一再压缩。
    二、食用菌深加工下步发展建议
    1.以规划为引领，为食用菌深加工发展提供遵循。规划是先导，纲举则目张。要基于食用菌发展现状，着眼全国发展大局，立即着手制定食用菌产业《发展规划》，明确全产业链发展目标定位、思路举措、资源配置、要素布局，匠心绘制促进食用菌产业持续健康发展的时间表、路线图，有效汇聚发展共识、凝聚工作合力。要以《发展规划》为蓝本，分年度制定《工作要点》，明确事关全局的阶段性重点工作，确保产业发展各项工作有序衔接、有效落实。
    2.以基地为支撑，为食用菌深加工发展夯实基础。在食用菌产业“由大向强、接二连三”转型发展的新阶段，要善于利用好特色资源优势，在调整优化基地生产品种结构、提高资源循环再利用水平的基础上，进一步扩大基地生产规模。借助国家加快扶贫攻坚进程和深化农村产权制度改革的有利契机，有序推进农村土地承包经营权确权颁证、流转抵押、参股经营等工作，深入推广“龙头企业+加盟园区（合作社）+产业工人”等多种经营管理模式，进一步强化相关方利益联结机制，不断提升广大农民、特别是贫困农户，参与产业发展能力和积极性，持续扩大食用菌富农产业的覆盖面和收益率，同时要深入开展标准认证工作，持续加大对食用菌农资、农业投入品的执法检查工作力度，大力惩处侵害农民合法权益、危害食用菌产业安全的不法行为，确保产业持续健康发展。