1.高品质原料供应不足
随着灵芝药品、保健品、化妆品产业的不断发展，野生灵芝的供应已经满足不了人们的需求，目前市售灵芝大多由人工栽培。人工栽培的方式主要有段木栽培、林下仿野生栽培和代料栽培，这3种栽培模式均有缺陷。段木栽培与林下仿野生栽培的缺陷主要是原木资源供应不足，在我国南方地区段木栽培一般采用的树种是枫香、板栗和青冈等，树种种类少，导致供应资源受限。借助段木进行栽培的方式会引发“菌林矛盾”，对树木的消耗较大，致使森林资源受到不同程度的破坏。而代料栽培可以解决“菌林矛盾”，但存在灵芝品质无法保障的问题。代料栽培的基质由农林副产品为主料和其他辅料组成，成分复杂导致灵芝子实体中活性物质的含量、农艺性状等存在明显差异，灵芝品质不统一。
除此之外，灵芝栽培对栽培人员的要求较高，需要掌握菌种制作、菌包制作、菌丝培养、出菇管理、病虫害防控等技术。但菇农专业素养有限，管理方式参差不齐，造成高品质灵芝产量较少。甚至有的菇农为了自身利益滥用农药，造成灵芝农药残留、重金属超标等问题。另外，灵芝优质菌种选育、病虫防害等方面的科研与推广力度不足，不利于灵芝产业的健康发展。
2.技术成果转化率低
目前，灵芝活性物质的提取和分离纯化技术多种多样，但企业很少将多种技术联合应用于生产加工，技术成果转化率较低。大多数企业只采用传统的热水浸提法对灵芝进行简单提取。此法操作简单，但对活性物质提取率和原料利用率均较低。这些企业往往生产的是初级加工产品，产品附加值低。只有少数大型企业采用水提、醇提等多种技术相结合来提取灵芝活性物质，再进一步分离纯化，将灵芝提取物添加到产品中，大幅度提高产品价值。此外，灵芝活性物质研究大多集中于多糖和三萜类化合物，对于多肽（蛋白）、甾醇、类固醇等其他活性物质的药理研究与应用较少，相关产品的开发深度不足，造成市场上不同领域内出现的灵芝产品的剂型或功效相似，同质化问题严重。
3.质量体系不一
由于国内对药食同源产品研发和生产的法律法规尚不健全，各个省市标准不一，导致药食同源产品定位不精准，从而引起灵芝产品质量参差不齐。经各省市或自治区的卫生健康委员会、食品安全标准备案与管理系统官网上查询到的灵芝试点产品企业、团体及地方标准共282种，以福建、广西、安徽、贵州、广东、云南和浙江为主，分别有49，34，42，24，21，17，17种标准。在品质评价分析方面，大多数企业以《中国药典》《食品安全国家标准食用菌及其制品》（GB 7096-2014）中相关的规定进行控制，但灵芝有效成分测定没有保障。如灵芝多糖的检测按照我国药典的标准，以葡萄糖、葡聚糖作为标品来衡量灵芝产品的质量，但有的不良企业会在产品的生产过程中添加淀粉、糊精、葡萄糖等，以此干扰产品数据的真实性，降低产品的质量。灵芝三萜类物质的检测，是以齐墩果酸或熊果酸为标准品作对照，这种方法对灵芝三萜的测定没有特异性。此外，《中华人民共和国食品安全法》中明确指出保健食品不能代替药品，但还是存在一些资质不全的机构趁势而起，为了增加商品效益，对灵芝药理功效进行虚假宣传，骗取消费者的信任，造成灵芝产品市场乱象。
4.对灵芝认识不足
全世界的灵芝有两百多种，不是每一种灵芝都能被国家认可用作药品及保健品。人们对灵芝不同部位的价值也存在误解，认为孢子粉比子实体活性成分多。事实上，子实体的食药兼用价值更高。多糖和三萜类物质是灵芝中最主要的活性成分，研究证明子实体和孢子粉中多糖含量没有较大差异，但子实体中的三萜类物质含量远高于孢子粉，同时三萜种类较多。灵芝子实体的活性成分更加丰富，药理功效更强，但因精深加工技术推广不足、成本高等原因，尚未得到充分开发。（来源：菌物研究，作者：曾婷 黄文琪 赵立娜 刘斌）
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