中国科学院昆明植物研究所赵琪博士介绍说，羊肚菌种植存在菌种、环境和管理三大风险。羊肚菌物种共有100多个，可以种植的有9个，其中能够有产量的仅有3个，哪一物种适合在哪些区域种植，大部分人是不够了解的。就菌种本身而言，羊肚菌属低温菌，温度稍高就容易老化、退化，造成这种现象还和做种工艺流程有关，如果不按照羊肚菌生物学特性配制相应的培养基、培养料，甚至采取节约成本、缩短周期等行为，都会导致菌种不纯、老化速度加快、退化加速，这是在菌种种源上存在的风险。
云南虽然气候条件优越，但设施条件相对较差，抵御极端天气的能力和抗风险能力较弱，如遇温度剧烈变化、干旱缺水、空气湿度低等问题，就容易出现原基不分化，幼菇干死、热死或冻死等，造成减产或绝收情况。此外，土壤中微生物生态平衡被打破，造成羊肚菌的有害微生物增多，或是种植时间长出现环境性拮抗，导致羊肚菌抵御杂菌的能力减弱，羊肚菌自身代谢物同样会抑制自身生长。
羊肚菌种植，风险和效益并存，羊肚菌是一个种植周期短、效益高的农产品，俗话说，“七分靠管，三分靠种”，风险就来自于管理，大部分种植户最开始探索种植时，往往会照搬别人或其他区域的管理模式，生搬硬套、不灵活把握，运用到自己的基地上，是不会获得高产丰收的。
在菌种方面，要对种源进行出菇率、成菇率及抗性等系列研究。筛选菌种的原基、幼菇分化率，系统分析和研究小菇对温度、湿度、细菌的适应性和抗性，并对其农艺性状进行研究。
菌种是产业可持续发展的基础，重要性毋庸置疑。羊肚菌菌种企业“百家争鸣”，质量良莠不齐，菌种市场比较混乱，因此亟需建立“良种”“良法”的国家标准或行业标准。
现阶段羊肚菌的经营较为分散，产品市场化的程度低，产业链还不完善，都需要逐步形成标准，确保羊肚菌产业从“种”到“收”再到“售”的体系完整。政府的引导和参与很重要，特别是在产业发展前、中期尤为关键，当地政府可以联合相关科研单位，出台相关扶持政策，针对不同地区制定适宜的栽培方法，让农民从“想种”到“知道如何种”再到“如何规范化种”，充分发挥区域优势，让羊肚菌产业健康、持续发展。
在环境方面，要根据每个地区不同的气候、土壤等调整种植模式和下种时间。因地制宜考虑遮阳网搭建高度、层数，平、拱棚选择，选择地膜材质和覆膜时间。尤其是对遮阳网下面，小拱棚高度必须每年依据降雨量和光照强度适时调整。同时，一定要避免重茬。重茬要注意更换物种而不是品种，例如今年种植“六妹”，明年只能种植“七妹”或“梯棱”，三个物种间倒茬时，必须进行土壤恢复或改良。土壤的盐碱度和理化性质也需要尤为关注，要避免农药化肥过多造成的土壤原基化和土壤板结。
在出菇方面，要注意催菇水不要变成“催命水”，催菇水要因时而异、因土壤而异、因气候而异地浇水，当土壤湿度足够大、空气湿度足够大时，就要衡量是否需要浇催菇水，最关键的一点在于种植户应避免经验主义，尤其不要轻易相信短视频平台的高产经验。种植羊肚菌不仅要提升技术能力，还要注重认知和判断能力的提升，不断学习积累。
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